Los trabajos de investigación realizados en El Encín han permitido establecer que actualmente se cultivan en España 235 variedades diferentes de uva de vinificación y de mesa.
Conocer el origen y la evolución de las cepas es una tarea muy compleja, que se enfrenta a importantes lagunas históricas. Aunque existen informaciones muy antiguas sobre la práctica de la viticultura o sobre los vinos que se elaboraban en el pasado, no ocurre lo mismo con los nombres de las cepas, que han evolucionado y cambiado a lo largo de la historia.
La ampelografía es la ciencia que estudia las variedades de vid. La identificación se realiza a través de una serie de rasgos y características concretas: la forma de la hoja, el racimo y la uva, el color de las bayas, las aptitudes enológicas (contenido de azúcar y acidez, composición fenólica, aromas) y las condiciones agronómicas (vigor, fertilidad, rendimientos, época de maduración, sensibilidad a las enfermedades).
En 1993, Luis Hidalgo en su Tratado de Viticultura calculaba que había entre 10.000 y 20.000 variedades de uva; en su publicación en 2006 en Trends in Genetics Patrice This y sus colaboradores acotan este número a alrededor de 5.000. Tanto los movimientos migratorios ancestrales, como los realizados en épocas recientes, junto con los intercambios comerciales han permitido la implantación de las variedades más afamadas en todos los rincones del mundo. El problema surge cuando se les ponen nombres diversos para diferenciar una misma variedad cultivada en zonas distintas, generando así un número alto de sinonimias o, peor aún, cuando para ganar la fama de otra uva se pone el mismo nombre a variedades radicalmente distintas, creándose una homonimia.
La ampelografía surge en 1611 con Olivier de Serres para intentar poner algo de claridad en este complejo entramado. Serres menciona diversos nombres de variedades francesas, pero no es hasta finales del siglo XIX cuando se realizan los primeros trabajos serios sobre la materia que culminarán con la publicación de la monumental obra de Viala y Vermorel en 1910 que recogía 24.000 variedades.
El estudio de las variedades se vio fuertemente impulsado en los años setenta y ochenta del siglo XX a raíz de la moda de vinos varietales impuesta desde las nuevas regiones vinícolas, en especial Australia y América. Esta corriente impulsó el interés por las variedades, e influyó también en el continente europeo.
Actualmente la ampelografía se ve reforzada por las nuevas técnicas: análisis de imagen por ordenador, identificaciones moleculares basadas en el estudio del ADN y la posibilidad de comparar la información entre distintos centros especializados en su estudio. De este modo, se están resolviendo un sinfín de homonimias y sinonimias que sirven para descubrir el origen y la distribución de las variedades que hoy se cultivan en nuestros viñedos.
El Registro de Variedades Comerciales de Vid de España es la referencia básica donde se encuentran todas las uvas reconocidas como distintas entre sí, sus denominaciones y sinonimias autorizadas. En la actualidad recoge 215 variedades divididas en dos listas: una definitiva y una provisional. La definitiva incluye 86 variedades, de las que 15 son de uva de mesa, 4 de doble aptitud y el resto de vinificación. En la provisional se recogen 129 variedades, de las cuales 31 son de mesa, 4 son de doble aptitud y el resto de vinificación, siendo estas variedades las que pueden tener pendiente de completar su proceso de caracterización, o su estudio comparado con otras denominaciones (Registro Vitícola MAPA, 2012).
Las denominaciones de origen, por su parte, presentan una lista de variedades autorizadas y preferentes para la elaboración de los vinos en cada una de ellas que se recogen en sus respectivos reglamentos. Existen 1.040 referencias combinando variedad/denominación de origen. La cabernet sauvignon, por ejemplo, una de las variedades foráneas que mayor expansión tuvo en la década de los noventa, está autorizada en 48 denominaciones. Y la tempranillo, que es actualmente la variedad tinta más cultivada de España, está presente en 56 de ellas.
Pero después de estudiar 870 accesiones seleccionadas en la Colección de Vides de El Encín de variedades de vid cultivadas tradicionalmente en España, se ha descubierto que en nuestro país se cultivan actualmente 235 variedades diferentes de vinificación y mesa. De ellas, 111 son uvas autóctonas de vinificación o de cultivo tradicional en España que figuran como autorizadas o preferentes en las más de 70 denominaciones de origen del país. Existen cinco variedades en el Registro de Variedades Comerciales que no están en ninguna DO; 74 de cultivo minoritario o en peligro de extinción; 19 extranjeras de cultivo autorizado en denominaciones de origen españolas, procedentes sobre todo de Francia y Alemania; y las 26 restantes son uvas de mesa de cultivo tradicional.